Centeret er officielt et af Hjemmeværnets Historiske Udstillinger, direkte underlagt S9 ved Hærhjemmeværnsdistrikt Midt, og Vestjylland, hvilket betyder at personalet skal være medlem af Hjemmeværnet.

Hjemmeværnets Historisk Center er medlem af sammenslutningen af museumsforeninger og foreningsdrevne museer (SAMMUS), som er en landsdækkende interesseorganisation for foreninger, der driver eller støtter museer.

Yderligere er Centeret medlem af Danske Hærhistoriske Museer (DHM) som faciliterer samarbejde og udveksling mellem foreningerne, laver arrangementer og står for samarbejdet med for eksempel Forsvaret.

Sidst med ikke mindst er Centeret repræsenteret ved Hjemmeværnets Historiske Kommission (HHK). Kommission rådgiver Hjemmeværnsledelsen i sager der vedrører den overordnede historiske virksomhed i Hjemmeværnet.